Рабочее дерево групп из справочника Номенклатура для сайта не подходит. Какие есть варианты решения проблемы?

Вариант 1. Решение "в лоб". Если ваше дерево групп номенклатуры не подходит для сайта, но изменению его не препятствуют внутренние бизнес-процессы вашей организации - измените его под сайт. Это облегчит вам жизнь.

Вариант 2. Использование в качестве иерархии справочник "Виды номенклатуры". В этом случае для сайта текущее дерево групп из справочника Номенклатура не используется. Товар будет сгруппирован по принадлежности к виду номенклатуры. Т.е. группы на сайте будут соответствовать видам номенклатуры. Этот способ организации иерархии на сайте также удобен тем, что позволяет не смешивать в умном фильтре свойства товаров от разных видов номенклатуры. Этим страдают другие способы организации иерархии.

Вариант 3. Альтернативное дерево групп из настройки обмена. Модуль обмена от 1С-Битрикс предлагает возможность организовать дерево для сайта полностью вручную. Но и поддерживать его в итоге придется вручную. Не забывайте об этом.

Вариант 4. Если вы формируете иерархию каким то своим способом, через реквизиты или в отдельном справочнике - мы можем настроить механизм обмена таким образом, чтобы он подхватывал ваши данные для иерархии вместо типовых.