После выгрузки, в свойствах инфоблока каталога на сайте появились повторяющиеся свойства. Откуда они, ведь в 1С я их не вижу?

Каждое вновь созданное свойство в 1С - это новая сущность, имеющая свой уникальный код. Этот код живет вместе с этой сущностью до самой ее «смерти». Поэтому даже если вы назвали два разных свойства в 1С одинаково (напр. Цвет), на сайт они выгрузятся в две разные строчки. Т.е. на сайте вы увидите два свойства с именем Цвет. Поэтому к созданию перечня дополнительных реквизитов (свойств) в 1С следует подходить крайне серьезно и не создавать дублирующихся по сути свойств для разных видов номенклатуры. Это особенно актуально для 1С Управления торговлей 11 ред. (УТ 11) и редакций, использующих ту же редакцию контура торговли. Это обусловлено тем, что в УТ 11 по умолчанию используется привязка свойств к видам номенклатуры и если создано более одного вида номенклатуры, где нужно свойство Цвет (напр.), часто просто добавляют еще одно свойство для нового вида номенклатуры. Последствием этого становится дублирование свойства в фильтре и в свойствах инфоблока. И, если дублирование в свойствах инфоблока не фатально, то дубль в фильтре будет виден всем на лице сайта.

Для избежания этой проблемы следует делать свойства, которые используются более чем в одном виде номенклатуры, общими для всего каталога. Возможность создания общих свойств следует включить в настройках конфигурации УТ 11.

Та же логика работает и для УТ 10, с той лишь разницей, что в УТ 10 по умолчанию все свойства общие и для ограничения их видимости нужно производить дополнительные действия.